新研究认为圣殿位于圣殿山南部

一项新近报道的研究认为，圣殿曾矗立在耶路撒冷圣殿山南部，远离通常被认为与岩石圆顶清真寺相关的位置。南部选址说援引了该建筑群现今尺寸与《米示拿》及约瑟夫斯记述之间的差异，以及建筑和地形线索。其他研究人员则认为圣所位于岩石圆顶清真寺正下方的磐石之上或其西北方向，因此确切位置仍有争议。圣殿山目前仍无法进行直接发掘，学者只能比较古代文献、现存墙体、地下结构和后世建筑证据。